Гимназия Тюменского государственного университета создана в 1998 году на основании решения Ученого совета Тюменского государственного университета (протокол № 4 от 27 апреля 1998 г.), в соответствии с Федеральным законом Российской Федерации «Об образовании» от 10.07.92, Федеральным законом Российской Федерации «О высшем и послевузовском профессиональном образовании» от 19.07.96, иными законодательными и нормативными актами Российской Федерации и Уставом Тюменского государственного университета.
Идея открытия Гимназии принадлежала ректору университета, академику Геннадию Филипповчу Куцеву (сегодня он занимает почетную должность научного руководителя Тюменского государственного университета). Его начинание поддержал Департамент образования и науки администрации Тюменской области, совместно с которым был подписан договор об обеспечении деятельности гимназии. С момента образования гимназии её руководителем является Дегтярев Сергей Николаевич, кандидат педагогических наук, доцент ТюмГУ, Отличник просвещения РФ.